يمكن للفحص بالموجات فوق الصوتية تشخيص الغياب الخلقي أو التشوهات الخلقية لبعض الأعضاء.
يمكن تشخيص بعض أمراض الكلى في الرحم.
يمكن تصوير حجم الكلى غير الطبيعي أو غيابها بالموجات فوق الصوتية. بعد مرور عدد معين من الأسابيع، يمكن الكشف عن تضخم التدفق الخارجي للكلى ومراقبته. إذا كان الجنين يعاني من انسداد يؤدي إلى تلف الكلى، يمكن علاجه في الرحم باستخدام دعامة.
يمكن تشخيص الغياب الخلقي أو تكيسات الرئة عن طريق الموجات فوق الصوتية.
يمكن الكشف عن التشخيصات المتعلقة بالاتصال بين القصبة الهوائية والمريء عن طريق الموجات فوق الصوتية. في مثل هذه الحالات، قد يكون منقذًا للحياة إذا كان المستشفى الذي سيولد فيه الطفل مجهزًا للتدخل في هذه الحالة الشاذة بعد الولادة مباشرة.
يمكن إجراء بعض التشخيصات المتعلقة بأمراض القلب.
يعد الفحص التفصيلي بالموجات فوق الصوتية المفصلة الذي يتم إجراؤه بين 20-22 أسبوعًا مهمًا بشكل خاص. في هذه الفترة، يتم إجراء فحص يشمل 4 حجرات وهي الهيكل الرئيسي للقلب. الحاجز بين هذه الحجرات؛ يمكن التعرف على أمراض القلب لدى الجنين في وقت مبكر في الرحم من خلال النظر فيما إذا كانت الصمامات والأوعية الخارجة من الحجرات في أوضاعها الطبيعية. في هذه الحالة، يوصى بالولادة في المستشفى حيث يمكن إجراء التدخل اللازم.
الحنك المشقوق يسبب مشاكل في تغذية الطفل.
ومن الحالات الشاذة الأخرى الشفة المشقوقة. ويسمى هذا أيضاً "الشفة الأرنبية" بين الناس.
الشكل الأكثر تقدماً من الشفة المشقوقة هو الحنك المشقوق. ما يقرب من واحد من كل ألف طفل